Výstavba synagogy v Novém Jičíně byla rozhodnuta roku 1896, ale ke stavbě došlo až po roce 1905, kdy byl získán potřebný kapitál. Projekt navrhl vídeňský architekt Ernst Lindner a realizoval místní stavitel Richard Kloss. Synagoga, pojmenovaná na počest císaře Františka Josefa, byla slavnostně otevřena 12. dubna 1908.

Budova byla dvoupodlažní s eklektickou fasádou, věžičkami a hlavním vchodem vedoucím do sálu modlitebny. Interiér zahrnoval galerie pro ženy a svatostánek na východní straně.

Synagoga sloužila pouhých třicet let – během Křišťálové noci v roce 1938 byla vyrabována, avšak kvůli blízkosti plynárny nebyla zapálena. Za druhé světové války se změnila na tržnici. Po válce, kdy se zpět vrátilo jen minimum židovských obyvatel, byla prodána Církvi československé husitské, která ji stavebně upravila a využívala do 60. let.

Díky úsilí ředitele archivu Jaroslava Štindla se synagogu podařilo v roce 1966 zachránit před přeměnou na tržnici a místo toho se stala archivem. V roce 1992 byla na budovu umístěna pamětní deska připomínající její historii. Po roce 2000 slouží bývalá synagoga jako depozitář Zemského archivu v Opavě.

Aktuálně je synagoga veřejnosti nepřístupná.