Původně gotická stavba, dříve nazývaná moravský kostelík, pochází z počátku 16. století. Po požáru města v roce 1621 byl kostel renesančně přestavěn. V 16. století se zde konaly české mše, zatímco ve farním kostele byla kázání německá. Od té doby se kostelu Nejsvětější Trojice říká též český kostelík. Katolické církvi začala svatyně sloužit po znovuvysvěcení v roce 1644. Uvnitř najdete zajímavou barokní výzdobu z přelomu 17. a 18. století.

Kostel je obklopen malebnými Janáčkovými sady.